L'Agglomération de Fribourg est dotée d'une équipe de collaborateurs et collaboratrices permanent-e-s actifs dans les différents domaines d'activités couverts par l'institution. Elle compte actuellement 14 collaborateurs et collaboratrices dont deux stagiaires. L'équipe est supervisée par un-e Secrétaire général-e, nommé-e par le Comité d'agglomération de l'Agglomération de Fribourg.